将液相的分析方法用于HPLC/MS(多级)联用时需要考虑以下几方面：1/分析目标化合物的离子化能力，2/流动相的混溶性，3/流速与柱子的匹配性等。

　　对于可以接受质子的碱性样品，采用正离子化模式;反之对于易丢失质子的，有较多强负电性基团可尝试使用负离子化模式。有些酸碱性并不明确的化合物则要进行预试方可确定。此时也可优先考虑选用APCl(+)进行测定，对于热不稳定的化合物则优先考虑选用ESI。

　　对样品的一般要求是：力求干净，不含显著量的杂质;不含高浓度的难挥发性酸(如硫酸，磷酸等)及其盐，因这些酸及其盐的侵入会引起很强的噪声，严重时还会造成仪器喷口处放电;样品粘度不能过大，以防堵塞柱子、喷口及毛细管入口。因此，样品的制备或前处理在HPLC/MS(多级)分析中同样是必要的。

　　HPLC/MS商品仪器的设计所达到的重现性和线性范围指标均能满足一般的定量分析精度要求。但由于其分析的样品来源广泛，本底复杂，因此HPLC/MS(多级)定量中要解决的主要问题是化学基质和生物学基质的干扰。

　　应用范围：热不稳定大分子化合物(如生物药品，重组产物，医药学方面的药物及体内药物分析、药物降解、药物动力学、临床医学、中药分析);生物化学领域的肽、蛋白质、寡核苷酸、糖等;环境化学分析方面(如有机污染物，土壤与水质分析);农药兽药残留量分析;法医学方面的滥用药物、爆炸物和兴奋剂检测;合成化学方面的有机金属化合物、有机合成物及表面活性剂、天然产物、复杂混合物分析等等。总之，只有无法离子化的样品质谱才不能检测。与GC/MS相比LC/MS灵敏度更高。

　　质谱仪从其最基本的功能上而言，主要是一种定性分析工具。采用LC与MS联机的操作方式，可充分发挥液相色谱的分离功能和质谱仪的高灵敏度及高选择性，来获取一些混合物中单一组分的结构信息。选用混合编程扫描技术，进行多级质谱方式可同时检测分子离子和若干碎片离子，进一步获取相关化合物的结构信息。